Московский театр«Мастерская П. Н. Фоменко» был основан в июле 1993 года указом Мэра города Москва. Однако сами «фоменки» (как с легкой руки журналистов называют актеров театра не только в Москве, но и во всем мире) ведут отсчет своей биографии с июля 1988 года. Тогда Петр Наумович Фоменко набрал группу студентов в свою учебную мастерскую на режиссерском факультете ГИТИСа (ныне — Российский университет театрального искусства).
Пять лет учебы показали, что люди, которых судьба свела вместе летом 1988 года могут и умеют творить настоящие театральные чудеса. Созданные в студенческие годы спектакли неоднократно становились призерами различных театральных фестивалей. Так спектакль «Владимир III степени» по Н. В. Гоголю (реж. Сергей Женовач) был удостоен первого приза Молодежного жюри на международном фестивале театральных школ «Подиум-91». Спектакль «Приключение» по М. Цветаевой (реж. Иван Поповски) — премии «Гвоздь сезона» в 1992 году. А спектакль «Волки и овцы» по А. Н. Островскому (режиссер Петр Фоменко) — гран-при на международном театральном фестивале «Контакт» (Польша) в 1993 году.
Выпускники мастерской Фоменко 1993 года составили костяк молодого театра, который еще дважды пополнялся учениками мастера. На сегодняшний день в труппе театра три поколения «фоменок».
В 1997 постановлением правительства Москвы, «Мастерской П. Фоменко» было передано помещение бывшего кинотеатра «Киев» на Кутузовском проспекте. Это было два маленьких зала, которые вмещали не более 100 зрителей. Запись на некоторые спектакли шла на полгода вперед, потому как всех вместить не могли. В 2005 году при поддержке правительства Москвы и банка ВТБ началось строительство нового здания театра. К январю 2008 года театр перебрался в новое помещение на набережной Тараса Шевченко.
Новое многоуровневое здание театра размещается на высоком склоне Москвы-реки. На крыше здания располагаются газон и цветник. Здание облицовано натуральным камнем с использованием алюминиевых и стальных панелей. Внутреннюю обстановку театра оборудовали по требованиям самого Петра Фоменко. В театре две сценические площадки и два зала, рассчитанные на 450 и 150 мест. Большой зал - это классический театр с ложами, партером и амфитеатром. Трансформируемая авансцена позволяет устроить оркестровую яму или увеличить ее глубину настолько, что действие спектакля может разворачиваться непосредственно в зале. В двухъярусном помещении малого зала установлен комплекс подъемно-спусковых механизмов и трансформируемые щиты, с помощью которых можно не только изменить габариты и пропорции зала, но и раскрыть его во внешнее пространство - на набережную и панораму Москва-Сити.
Всего за годы существования театра было создано 36 спектаклей.
Рожденные в стенах «Мастерской» спектакли неоднократно становились лауреатами различных театральных премий: премии им. Станиславского за спектакль «Одна абсолютно счастливая деревня» (2000); Национальной театральной премии «Золотая Маска» за спектакль «Одна абсолютно счастливая деревня» (2001), «Война и мир» (2002), «Три сестры» (2006), «Самое важное» (2007) и «Триптих» (2011); независимой театральной премии «Хрустальная Турандот» за спектакли «Три сестры» (2005), «Самое важное» (2008). Кроме того, спектакли театра неоднократно становились лауреатами театральной премии «Чайка», премии «Гвоздь сезона», получали призы и награды на различных международных театральных фестивалях.
Сегодня на афише театра прежде всего постановки Петра Наумовича Фоменко: «Волки и овцы» А. Н. Островского (1992), «Одна абсолютно счастливая деревня» по Б. Б. Вахтину (2000), инсценировки прозы Л. Н. Толстого «Семейное счастие» (2000) и «Война и мир. Начало романа. Сцены» (2001), «Три сестры» А. П. Чехова (2004), «Бесприданница» А. Н. Островского (2008), «Триптих» по А. С. Пушкину (2010) и др., а также работы других режиссёров: «Мотылёк» П. Гладилина (2002) (снят с репертуара после гибели исполнителя главной роли Юрия Степанова в 2010 г.), «Дом, где разбиваются сердца» Б. Шоу (2005), «Самое важное» по роману М. Шишкина «Венерин волос» (2006), «Улисс» по Дж. Джойсу (2009), «После занавеса» Брайана Фрил (2010) — режиссёр Евгений Каменькович; «Отравленная туника» Н. Гумилёва (2002) и «Носорог» Э. Ионеско (2006), «Алиса в Зазеркалье» по Льюису Кэрроллу (2010) — режиссёр Иван Поповски; «Белые ночи» Ф. М. Достоевского (2003) — режиссёр Николай Дручек, «Пять вечеров» А. Володин, «Рыжий» (2010), «Театральный роман» М.Булгаков (2012).