Департамент здравоохранения Москвы является отраслевым органом исполнительной власти, осуществляющим исполнительно-распорядительные функции в отношении органов, учреждений, организаций и предприятий здравоохранения, аптечных предприятий, подведомственных Правительству Москвы, и управление имуществом этой системы в пределах полномочий, переданных ему Правительством Москвы.
Департамент реализует государственную политику в области охраны здоровья москвичей и других граждан, находящихся на территории столицы, а также изучает состояние здоровья населения, разрабатывает приоритетные направления и городские программы по охране здоровья и лекарственному обеспечению населения города.
Департамент здравоохранения города Москвы осуществляет исполнительно-распорядительные функции в отношении органов, учреждений, организаций и предприятий здравоохранения, аптечных предприятий, подведомственных Правительству Москвы, и управление имуществом этой системы в пределах полномочий.
Территориальными органами Департамента являются управления здравоохранения в административных округах города Москвы.