Школа №1321 «Ковчег» была создана в 1990 году по инициативе специалистов и группы родителей, чьи дети получали реабилитационные и образовательные услуги в Центре лечебной педагогики города Москвы.
В 1991 году по приказу Департамента образования г. Москвы школа приобрела статус общественно-государственной, а с 1993 года, статус государственного образовательного учреждения.
ГБОУ СОШ №1321 «Ковчег» создано 26 сентября 2013 года в процессе реорганизации (ликвидации) трёх учреждений: ГБОУ СОШ «Школа здоровья» №1321 «Ковчег», ГБОУ детский сад №125 и ГБОУ детский сад №1735. В ноябре того же года СОШ №1321 «Ковчег» реорганизовалась в ГБОУ Школа №1321 «Ковчег» путем присоединения к нему ГБОУ детский сад №763.
С 2001 года в школе функционирует структурное подразделение «Отделение надомного обучения».
В 2014-15 учебном году в школе обучалось 536 школьников, среди них 115 учеников с официально установленной инвалидностью. Большинство учащихся этой группы обучается в структурном подразделении школы - отделении надомного обучения, где обучение ведется в малых классах, группах, индивидуально в школе и на дому.
Адреса структурных подразделений:
- дошкольное отделение: ул. Авиамоторная, 32, 45; ул. 3-я Кабельная, 3;
- начальная школа: ул. Авиамоторная, 30 а к.1;
- основная и средняя школа: Танковый проезд, 6;
- отделение дополнительного образования: ул. 3-я Кабельная, 3.
К зданию на ул. Авиамоторной: Выход из метро налево к Дворцу борьбы спорта им. И. Ярыгина,идти по ул. Авиамоторной до магазина "Магнолия" и повернуть направо, далее идти прямо к белому 4-х этажному зданию. К зданию на ул. Танковый проезд д.6: Метро: Площадь Ильича / Римская (выход к пригородным поездам), далее по подземному пешеходному переходу под железнодорожной станцией «Серп и молот», после выхода повернуть направо и идти вверх по улице Золоторожский Вал до магазина электронной техники «ОГО», за магазином налево следует улица Танковый проезд.