Школа № 1998 «Лукоморье» создана 1 июля 1998 года. До 2001 года - это средняя общеобразовательная школа-лаборатория для детей с хроническими соматическими заболеваниями.
В 2001 году школа становится Центром образования № 1998 «Лукоморье» путем реорганизации в форме слияния школы № 1998 «Школа лаборатория» и детского сада комбинированного вида № 2410.
В 2011 году Центр образования № 1998 «Лукоморье» переименовывается в ГБОУ Центр образования «Школа здоровья» № 1998 «Лукоморье» и является государственным бюджетным массовым общеобразовательным учреждением, реализующим программы многопрофильного образования различных уровней сложности для детей с различными образовательными потребностями, оказания им индивидуальной помощи в воспитании и образовании, создания в учреждении здоровьесберегающей среды для получения качественного образования, адаптации учащихся и воспитанников к жизни в обществе, социальной защиты и разностороннего развития всех детей.
В 2013 году ГБОУ Центр образования «Школа здоровья» № 1998 «Лукоморье» переименован в ГБОУ СОШ № 1998 "Лукоморье". В 2015 году ГБОУ СОШ № 1998 «Лукоморье» переименована в ГБОУ города Москвы «Школа № 1998 «Лукоморье».
Школа работает в рамках программы по развитию инклюзивного образования. Все педагоги образовательного комплекса работают в условиях совместного инклюзивного (включенного) воспитания и обучения детей с ОВЗ, детей-инвалидов и их здоровых сверстников (инклюзивного образования).