Лицей носит название "Вторая школа", потому что он вырос из знаменитой московской физико-математической школы №2, которая открылась в 1956 году на улице Фотиевой как общеобразовательная школа.
В лицее традиционно учатся пять параллелей: 7, 8, 9, 10 и 11 классы. Младших классов нет.