Первое упоминание о храме 1613 год как о храме св. Николая Чудотворца. 5 мая 1613 года храм был освящен в честь св. Николая Чудотворца при участии царя Михаила Федоровича Романова.
В 1696 году была осуществлена перестройка храма по инициативе полковника Франца Лефорта, осуществлена закладка деревянной церкви для солдат первого Московского полка, освященная в честь первоверховных Апостолов Петра и Павла. В 1711 году на месте деревянной церкви построен каменный храм, который сохранился до наших дней.