Село Рубцово-Покровское с расположенными в нём Никольским и Покровским храмами имеет древнюю историю. Название «Рубцово» село получило в 1586 году, деревянная Никольская церковь в нём уже существовала.
После постройки в 1618 году второго храма — Покровского, село Рубцово стали называть Покровским.
Новый каменный храм с приделами Петра и Павла и Покровским был построен в промежутке между 1765-1766 годами.
В 1931 году храм был закрыт. Здание было переделано под хлебозавод. В 1984 году хлебозавод был закрыт из-за аварийного состояния здания. В 1992 году перестроенный и полуразрушенный храм вернули Русской православной церкви. В 1995 году начались первые богослужения. В настоящее время приход у храма общий с расположенной через дорогу Покровской церковью. Храм является центром Богоявленского благочиния.