Чудесное избавление Москвы от нашествия крымского хана Кызы-Гирея в 1591 году, случившееся в день памяти мученика Андрея Стратилата, подвигло москвичей соорудить в обители сначала деревянный, а затем в 1675 году – каменный надвратный храм во имя святого мученика Андрея Стратилата. С тех пор монастырь стал называться Андреевским.
В 1923 году по представлению Замоскворецкого райсовета города Москвы храм святого мученика Андрея Стратилата был закрыт и передан рабочим Гознака под школу, которая так и не была открыта. В 1925 году «по просьбе трудящихся» Моссовет передал рабочим храм Воскресения для устройства в нем клуба. В соответствии с разработанным архитектором Г.К. Игнатьевым проектом-приспособлением под нужды ВНИИМС с 1967 по 1971 год в комплексе Андреевского монастыря велись реставрационные работы.
17 декабря 1996 года последовало Постановления правительства Москвы №1004 о передаче в безвозмездное бессрочное пользование Русской Православной Церкви в лице Синодальной библиотеки всего комплекса строений Андреевского монастыря.
Подворье Патриарха Московского и всея Руси в бывшем Андреевском монастыре с храмами Воскресения Христова в Пленницах, апостола евангелиста Иоанна Богослова (архангела Михаила) и мученика Андрея Стратилата было учреждено Указом № 2360 Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 14 августа 1991 года.