Деревянный шатровый храм в Новой слободе Измайлова был построен царскими стрельцами летом 1664 г., каменный храм в стиле «русского узорочья» воздвигнут артелью костромских зодчих (подрядчик Спиридон Харламов) взамен деревянного попечением царей Алексея Михайловича и Федора Алексеевича Романовых, освящен Великим чином в 1676 г. Патриархом Иоакимом.
В годы Советской власти церковь непрерывно оставалась действующей.