Палеонтологический институт им. А.А. Борисяка РАН является единственным специализированным научным учреждением в России, занимающимся изучением морфологии, систематики и филогении ископаемых организмов, закономерностей эволюционных процессов, формирования и развития экосистем и биосферы в целом.
В Институте были основаны новые самостоятельные направления науки (палеоэкология, тафономия, палеонтология докембрия, становление скелетных организмов, бактериальная палеонтология).
При институте создан и успешно функционирует Палеонтологический музей, один из трех наиболее крупных и известных палеонтологических музеев мира.